地方公務員の共済組合制度は、各単位組合に分れて運営されていますが、連合会を設けて各組合間の連絡調整を図り、また各組合間にわたる共同事業を実施しています。
短期給付の財源率は各組合間に大幅な格差が生じています。組合員の掛金に一定の歯止めを行い、掛金の負担を軽減させることが必要と認められる組合には交付金を交付して、この不均衡を調整する事業です。
財政調整には、1.各組合間での財政調整と、2.地方公共団体の負担による財政調整（第二財政調整）との2種類があり、前者が掛金率52.5/1000を超え53.5/1000までの部分について、後者が53.5/1000を超える部分についての財政調整を行います。
〈連合会への払込金〉
各組合間の財政調整事業と次項の事業を実施するために必要な費用として、各組合では、標準報酬等合計額×1.1/1000の拠出金を連合会に払い込みます。
なお、第二財政調整事業に必要な費用については、短期給付事業の適用を受けるすべての構成市町村に国が一定の財政措置（0.1/1000 令和6年4月1日現在）を行い、各組合を通じて連合会へ払い込む拠出金により充当されます。
高度の医療が行われるようになって、1か月の医療費が数百万円にものぼる事例がでています。そこで、1か月150万円を超える医療費を要した場合、また人工透析治療を行う必要のある慢性腎不全、血友病などの治療については100万円を超えるものについて、その超えた額に交付率を乗じて得た額（ただし、3,000万円を超える部分については交付率を乗じない。）を交付しています。
自然災害は局地的におこるのが通常であり、連合会において資金をプールして、災害給付及び附加給付を行う必要が生じた組合に資金を交付しています。
〈連合会への払込金〉
各組合は、災害給付に要する資金として、標準報酬等合計額×0.2/1000の額を連合会に払い込みます。
各組合が行っている貸付事業において、回収できない債権が生じた組合に、貸付債権保全交付金を交付しています。
各組合の長期給付事業（年金業務）は平成19年4月から市町村連合会に集約し、一元的に処理され、各組合にかわって、市町村連合会が年金の決定・支払い及び長期給付積立金の管理・運用を行っています。
ただし、年金の請求や各種届出などの手続きについては、組合員・年金受給権者の利便性や身近なサービスなどを考慮し、退職時に所属していた各組合において行っています。
保険制度は、小集団では運営上の危険が伴います。とりわけ年金保険では長期の財政見通しが必要ですから、傘下の組合の組合員を一つの算定単位として財政計算を行います。
その結果として組合員の保険料率を定めることが連合会の重要な事業です。
長期給付事業の安定した運営を行うため、傘下の組合が資金の一部を連合会にプールし、連合会が運営を行います。また、個々の組合において、長期給付に要する資金が不足していると認められるときは、必要な額を交付することとされています。
